Die Margaretenkirche ist eine spätgotische Westturmanlage, die gegen Ende des 15. Jahrhunderts von Meister Hans von Ulm erbaut wurde, wie eine gemeißelte Inschrift im östlichen Schlussstein des Chorgewölbes mit der Jahreszahl 1500 belegt.
Wer zum ersten Mal durch das schmiedeeiserne Tor in den Kirchhof kommt und schließlich durch den gotischen Rundbogen mit der Heiligen Margarete rechts , Maria mit Kind links und dem Schöpfergott oben die Margaretenkirche betritt, der spürt sofort: Diese Kirche ist etwas Besonderes. Das prachtvolle figurengeschmückte Portal weist darauf hin und im Inneren die reiche Ausstattung an Bildern, Schnitzwerke und Grabmäler.
Die Innenrenovierung im Jahr 2012 hat durch ein kluges Licht- und Farbkonzept sowie durch eine behutsame Neugestaltung des Raumes die Margaretekirche in neuem Glanz erstahlen lassen. Die künstlerische Gestaltung der Prinzipalien haben den Chorraum über die Ortsgrenzen bekannt gemacht.
Die Margaretenkirche war Dorfkirche und Residenzkirche und Grablege der Herren von Kaltental, die von 1278 bis 1746 Ortsherren waren. Der mächtige Kirchturm mit seinen Schießscharten war der westliche Teil der Befestigungsanlagen des 1690 abgebrannten alten "katholischen" Schlosses, das östlich von der Kirche lag.
Im Chor stand ursprünglich ein gewaltiger Hochaltar mit fünf lebensgroßen Figuren, die Maria, Margarete, Petrus, Paulus und eine nicht identifizierte Heilige zeigten. Die Figuren sind im Besitz des Landesmuseums in Stuttgart.Im Schiff war an der rechten Chorwand ein steinerner Baldachin, unter dem ein Nebenaltar stand, der durch das Rundfenster beleuchtet wurde.
Da sich die Mitglieder der herrschaftlichen Familie bei der Einführung der Reformation in Aldingen nicht auf eine Konfession einigen konnten, wurden in Aldingen beide Richtungen - evangelisch und katholisch - gesetzlich erlaubt. So fanden zwischen 1568 und 1640 in der Margaretenkirche sowohl katholische als auch evangelische Gottesdienste statt. Für dörfliche Verhältnisse war diese Regel höchst ungewöhnlich; sie konnte jedoch nicht verhindern, dass sich die beiden Konfessionen in Aldingen damals erbittert bekämpften.